妙云寺位于北京市海淀区玉泉山西侧的普安店村。普安店村建于何时，无从考证，但妙云寺的由来却充满传奇色彩。妙云寺始建于清乾隆年间，坐南朝北，俗称“倒座”，为一进三楹院落。有山门、前殿、配殿及后殿。

院中松柏参天，遮阴蔽日，最初，庙里曾供奉多尊佛香，曾有两位僧人居住。

据《日下旧闻考》记载：妙云寺建成之时，恰逢乾隆皇帝临驾静宜园途经此地，但见红日高照，祥云紧随，金光万道。他感慨万千连呼：“妙哉，云也!”寺里僧人闻听后，认为是“天逢御赐”，故将该寺称为“妙云寺”。清朝重臣刘墉刘罗锅，曾在这里住过挺长一段时间。

乾隆四十一年（1776年），大臣刘墉被任命为《四库全书》馆副总裁。当时圆明园内的文渊阁刚刚建成，《四库全书》总纂之处便设在那里，而刘墉却居住在东城驴市胡同，即现在的礼士胡同，因往返圆明园道儿太远，便买下了这座妙云寺作为居所。

在这儿常居的四年中，他生活起居，一切从简，从不张扬。他曾手书一副对联，悬于妙云寺的客厅中：“闲中觅伴书为上，身外无求睡最安。”由此看出他在妙云寺的日子过得如隐居般安闲。

因为他喜欢咱这京西的景色，特别是玉泉山与香山之间，稻田连绵，莺歌燕舞，一派江南风光，所以搬回到城里居住后，他依然时常到此小住，断断续续地在妙云寺居住了近20年，直到70多岁，年老体弱，乘轿子颠簸40里到妙云寺实在难以承受，且嘉庆皇帝再三劝说，他恋恋不舍地将妙云寺上缴朝廷，此后直到去世他再也没有到过该寺。

嘉庆二十一年（1816年），妙云寺被嘉庆帝赐给了山东巡抚贵泰作为家庙。贵泰死后，家庙仍为其后人所有。

到了光绪三十年（1904年)，贵泰后人把家庙卖给了驻藏大臣张荫棠。但据传，张家不信佛，便将寺内供奉的泥胎佛像拉倒，改建为别墅，取名“石居”，并将山门上“妙云寺”的石额拆下来，换上了刻有“石居”二字的石额。

民国二十六年（1937年）七月，张荫棠病逝，此后石居先后被多家单位暂用，后又长期闲置。因年久失修，主体建筑已经破旧，院内杂草丛生，但寺院的整体结构没被破坏。2001年这座具有悠久历史的古刹被海淀区政府公布为“海淀区重点文物保护单位”，辖区四季青镇在区有关部门配合下，对妙云寺进行了精心修葺，并投入人力物力加以针对性的细致保护。